É uma área muito antiga da Biologia. Desde a Antiguidade o ser humano utiliza os fungos como fermentadores naturais para fazer pão e vinho e, mais recentemente, antibióticos.
Atualmente , a biotecnologia recebeu um forte estímulo com o grande desnvolvimento da Biologia molecular abrindo uma nova área, a Engenharia genética.
A produção de bebidas alcoólicas pela fermentação de grãos de cereias já era conhecida pelos sumérios e babilônios antes do ano 6.000 a.C. Mais tarde, por volta do ano 2.000 a. C., os egípcios, que já utilizavam o fermento para fabricar cerveja, passaram emprega-lo também na fabricação de pão. Foi somente 200 anos depois que Louis Pasteur , em 1876, provou que a causa das fermentações era a ação desses seres minúsculos, os microrganismos, caindo por terra a teoria, até então vigente, que a fermentação era um processo puramente químico.
Posteriormente, em 1897, Eduard Buchner, demonstrou ser possível a conversão de açúcar em alcool, utilizando células de levedura maceradas, ou seja, na ausência de organismos vivos.
Foi, todavia, a produção de antibióticos o grande marco de referência na fermentação industrial.. A partir de 1928, com a descoberta da penicilina por Alexandr Fleming, muitos tipos de antibióticos foram desenvolvidos no mundo.
Na década de 40, durante a segunda guerra mundial, os antibióticos passaram a integrar os processos industriais fermentativos, principalmente nos Estados Unidos, basendo-se inicialmente na síntese da penicilina e, posteriormente, da estreptomicina.
Foi, todavia, a partir da década de 50 que a Biotecnologia, com a descoberta da síntese química do DNA, e com as técnicas de manipulação genética:DNA recombinante, fusão celular ou hibridoma, passou de fato a existir.
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